SMART-Seq 介绍

SMART-Seq(Switching mechanism at 5’ end of the RNA transcript)是一种单细胞转录组或者微量RNA的测序技术,其能够检测mRNA的全长。主要原理在于使用了莫洛尼鼠类白血病病毒逆转录酶(MMLVRT),该逆转录酶不仅具有逆转录活性,还具有模板转换以及末端转移酶的活性,能在反转录的过程中往新合成的cDNA的3’末端添加几个胞嘧啶,再通过独特的模板转换寡核苷酸(TSO)作为模板转换的靶点,实现高覆盖率和高精度的单细胞水平的转录组cDNA序列的检测。

应用领域

1.对单个细胞的全转录组进行测序,获取细胞的基因表达信息; 2.能够产生全长cDNA,可用于识别剪接异构体和精确测量基因表达水平; 3.比较不同细胞中在发育和分化过程中的转录本数量,从而定量基因表达水平; 4.分析难以分离或数量稀少的细胞类型,例如微量RNA。

技术优势

1.能够从单个细胞中捕获完整的转录本,包括5'和3'端; 2.使用低于100pg的起始材料,且适用于各种类型的样本; 3.高灵敏度,且具有高水平的可定位序列; 4.突出优点是可以筛选单核苷酸多态性(SNPs)和变异体。

测序流程