| CLIP-seq |
CLIP-seq，即交联免疫沉淀结合高通量测序(crosslinking-immunoprecipitation and high-throughput sequencing)，是基于交联的免疫沉淀分析RBP与靶分子的准确结合位置的实验技术。其技术原理是通过紫外照射或甲醛固定使RNA与RNA结合蛋白发生偶联，然后使用RNA结合蛋白的特异性抗体，通过免疫沉淀的方式富集RNA-蛋白质复合物，经高通量测序和生物信息学分析总结规律，从而探究RNA分子与RNA结合蛋白的调控规律及特点。最近，这项技术也被应用到microRNA靶标鉴定等工作中。
1.全转录组高精度分析RBP在靶基因的具体结合区域； 2.全转录组水平研究miRNA与靶基因的调控作用网络； 3.RBP结合RNA的motif序列分析； 4.构建IncRNA或者circRNA参与的ceRNA调控网络； 5.剪接因子RNA结合区域图谱研究。
1.准确度高：从活细胞交联开始，真实反映体内环境下分子间的相互作用关系，同时结合高通量测序技术，能够同时分析大量样本，提高研究的效率和覆盖度。 2.分辨率高：利用特异性抗体捕获目标RBPs，可以知道比较精确的蛋白结合位点。 3.应用范围广：特别适用于研究剪接因子、RNA结合蛋白、miRNA靶点及其相互作用的研究。
