1、医学领域：疾病诊断、过程及预后标志物筛选，药效评价，药物筛选、开发及作用机制研究，多组学联合病理机制研究。2、畜牧领域：动物生殖发育机制、动物疾病机理、动物营养代谢与调控、动物毒理研究，肉质及乳制品评价等。3、植物领域：植物抗病、抗逆机理研究，生长发育机制，育种保护研究等。4、食品领域：食品组分及品质鉴定，功能性食品开发，食品安全监检测等。5、微生物领域：致病机理，耐药机制，病原体-宿主相互作用研究等。

1、应用范围广：动物、植物、微生物、临床、体液或细胞等多种样本；可检测到的蛋白种类多，高分子量、酸性、碱性蛋白质等均可检测。2、结果可靠：基于高灵敏度和高分辨的串联质谱方法，定性与定量同步进行，同时得出定性和定量结果。3、灵敏度高：质谱检测灵敏度高，可检测出低丰度蛋白。